La cattedrale di San Rufino è il principale luogo di culto cattolico della città di Assisi.
Nell’VIII secolo i resti del santo patrono furono trasferiti dalla necropoli esterna alla città nella piccola chiesa detta “parva basilica”, entro le mura di Assisi nell’area detta di “Bona Matre”, l’attuale zona del sagrato.
All’inizio del XI secolo il vescovo Ugo decise di erigere una nuova basilica che da lui prese il nome di “Ugoniana”. Di questa chiesa rimane oggi visibile la cripta e la parte inferiore della torre campanaria costruita sopra una cisterna romana.
Dopo pochi anni, nel 1134, si decise di costruire una nuova chiesa arretrandosi rispetto alle costruzioni precedenti realizzando un ampio sagrato al posto della precedente chiesa che per necessità di spazio fu completamente demolita. Per la nuova chiesa fu chiamato Giovanni da Gubbio e i lavori iniziarono nel 1134 e durarono a lungo come tutte le grandi opere del tempo.
L’edificio fu consacrato nel 1253 da papa Innocenzo IV. Nella metà del XVI secolo la chiesa fu completamente trasformata nel suo interno per opera dell’architetto Galeazzo Alessi di Perugia.
Museo Diocesano e Cripta di San Rufino
Nei suggestivi locali si possono vistare i resti del primitivo chiostro romanico e la cripta della Basilica Ugoniana del XI secolo con resti di rarissimi affreschi.
Nell’abside il sarcofago romano scolpito con il mito di Selene e Endimione dove vennero deposte le spoglie mortali di san Rufino. La collezione comprende un cospicuo lapidario e dipinti realizzati fra il XIII e XVIII secolo.