Nel Medioevo i monaci benedettini trasformarono il Tempio di Minerva in chiesa cristiana intitolandola a San Donato. Nel 1212 la cedettero al Comune di Assisi che la adibì a sede comunale, poi come abitazione del capitano del Popolo e infine come carcere.
Nel 1456 la cella fu di nuovo adibita a chiesa.
Nel 1539 papa Paolo III fece restaurare il monumento e lo dedicò alla Beata Vergine Maria regina della vera Sapienza. Marcello Crescenzi vescovo di Assisi concedeva la chiesa ai francescani del terzo Ordine Regolare i quali affidarono nel 1634 il restauro della chiesa a Giacomo Giorgetti architetto e pittore assisano. Disegnò l’altare barocco e fece costruire la volta a botte.
Nel 1758 la chiesa passò ai Padri Filippini che ne fecero decorare la volta in onore di San Filippo e vi costruirono i due altari laterali. Con la restaurazione la chiesa passò al clero secolare. Dal 1989 al 1995 fu oggetto di restauri da parte della soprintendenza sia dell’esterno che dell’interno.
Da non perdere
Altare maggiore stucchi del Ticinese Giorgio Scala, statue della Purezza e Carità e dipinti dell’Eterno di G. Giorgetti;
Altare di San Giuseppe, transito di San Giuseppe di Martino Knol- ler 1764, stucchi Pietro Carattoli fine XIX;
Altare di sant’Andrea di Avellino, Morte del santo di Anton Maria Garbi;
Volta di San Filippo in gloria e Virtù cardinali, tempere di France- sco Appiani 1750;
Lunettone sopra altare maggiore: Virtù teologali, tempere di Francesco Appiani 1750;
Lunettone controfacciata angeli musicanti, tempere di Francesco Appiani 1750;
Organo sec XVIII dei fratelli Ruffati, 1957.