Le prime notizie sul convento sono del 1228, data in cui è documentata la presenza di un piccolo monastero femminile intitolato a San Pietro.
Nel 1342 il Maestro di Fossa dipinse l’affresco raffigurante il Crocifisso con i santi Francesco e Giovanni Battista. Nel 1401 papa Bonifacio IX concede a Agnesuccia, figlia di Lorenzo Cola da Campello, di fondare nei pressi del convento di San Pietro un nuovo convento
intitolato a san Giovanni Battista sempre della regola benedettina. Nel 1608 l’arcivescovo Alfonso Visconti aggrega d’autorità i due monasteri femminili.
L’altare maggiore in stile barocco conserva una tela raffigurante l’Adorazione dei Magi del XVII secolo, nei due altari laterali altre due tele raffiguranti una San Carlo Borromeo, San Filippo Neri e Santa Elena, nell’altra la madonna con il bambino.
Nel 1810/12 fu soppresso l’antico monastero dei SS. Giovanni Battista e Pietro i beni passarono al demanio e le suore vennero accolte nei monasteri di Spoleto. A seguito del decreto Pepoli il convento fu soppresso e sottoposto alla parrocchia di san Donato