Il convento è sorto sopra una grotta abitata già dal V secolo da eremiti venuti dalla Siria.
Agli inizi del Duecento, secondo la tradizione, la grotta fu frequentata da San Francesco. Successivamente la grotta fu abitata dal beato Ventura che qui visse per sessanta anni passando la sua vita in preghiera.
Morì nel 1310 e le sue spoglie furono portate nella chiesa di San Francesco di Trevi. Il convento sorse proprio sopra la grotta eremitica e sotto la torre di avvistamento di epoca romana su cui nel 1926 fu costruito un edificio.
Nel 1860 a seguito del decreto Pepoli il convento fu soppresso e venduto alla famiglia Donati. Nel 1924 il complesso fu acquistato da Valeria Pignetti detta “sorella Maria” superiora delle Missionarie di Maria in Roma. Nel 1919 uscì dall’ordine per vivere una vita più vicina all’essenza francescana.