Fu fatto costruire dai fratelli Gneo Cesio Tirone e Tito Cesio Prisco negli anni immediatamente successivi alla guerra con Perugia 40 a.C. combattuta tra Lucio Antonio e Ottaviano che diventerà imperatore con il nome di Augusto I.
In età medievale fu trasformato in chiesa cristiana. Nel 1228 il Comune acquistò alcune case antistanti il Tempio per ampliare la piazza. Nella stessa occasione fu liberato il vestibolo tra le colonne, che diventò la sede dell’arengo. Soltanto nel 1456 l’edificio tornò alla primitiva destinazione religiosa.
Nel 1539 nella sua cella a pianta rettangolare, sfondata allo scopo, si costruì la chiesa di S. Maria sopra Minerva, ulteriormente modificata in stile barocco nel XVII secolo.